CEFA inició su trabajo en Ecuador en 2008 y, en 2009, firmó el Convenio Básico de Cooperación, dando inicio oficialmente a sus actividades con un proyecto de Turismo Comunitario financiado por la Unión Europea.
Desde 2010, su labor se ha concentrado en la Amazonía Norte, apoyando las cadenas de valor de cacao y café. En 2017, con el inicio del proyecto “Cadenas de Valor Inclusivas y Sostenibles”, financiado por la Unión Europea, se incorporó la quinua como nueva cadena productiva y se amplió la zona de intervención más allá de la región amazónica.
CEFA tiene como objetivo principal fortalecer los procesos organizativos, productivos y comerciales de las organizaciones de productores, promoviendo: la aplicación de sistemas de producción agroforestales y agroecológicos ambiental y económicamente sostenibles y resilientes al cambio climático; procesos de formación integral; la participación activa de jóvenes y mujeres; y el desarrollo de emprendimientos vinculados a las cadenas de valor y al fortalecimiento asociativo.
Actualmente, CEFA implementa proyectos de apoyo a las cadenas de cacao y café, así como iniciativas orientadas a mejorar la gestión del Parque Nacional Sumaco Napo-Galeras (PNSNG), reduciendo las amenazas a los ecosistemas y contribuyendo a la conservación de la biodiversidad.